Ano: 1972. A humanidade viaja à lua e descobre uma estrada espacial chamada Hipervia, que leva diretamente ao planeta Marte. Lá, eles descobrem que além desta estrada, um artefato especial chamado Aldnoah Zero, uma fonte infinita de energia, que foi criado por uma antiga civilização e deixado para trás. Ocorre a partir daí uma grande colonização de Marte e a humanidade se divide entre aqueles que ficaram na Terra e aqueles que partiram, como duas raças distintas. Em Marte, foi fundado o império de Vers, que prosperou graças a essa fonte de energia, porém, com um planeta com pouca água e recursos naturais, logo uma guerra por poder eclodiu na face da Terra em 1999, com a invasão dos versianos, utilizando máquinas extraterrestres dotadas de extremo poder. Os seres humanos só encontraram uma solução: destruir a Hipervia e isolar os dois planetas. A história começa 15 anos depois da guerra, em 2014, quando nosso protagonista, Kaizuka Inaho, assiste à chegada da princesa marciana, Asseylum, que viaja numa suposta missão de paz.